El misterio de quién era el último Ronin se mantuvo en secreto antes de la publicación del primer números de la serie, no revelando la identidad de la tortuga ninja que llevaba el pañuelo negro hasta las páginas finales de Last Ronin nº 1.
Sin embargo, como muchos fans de TMNT predijeron, se revela que El último Ronin no es otro que el despreocupado, amigable y listo para la fiesta, Michelangelo. Aislado y abandonado a su suerte, la serie tiene lugar en un futuro lejano con sus hermanos y su sensei Splintter fallecidos en la batalla con el clan del Pie.
A medida que avanza la historia, vamos conociendo más detalles sobre lo que les sucedió a las otras tortugas y cómo murieron luchando contra el clan del pie. Raphael muere en una batalla con Karai, Leonardo muere en una explosión de Baxter Stockman y Donatello muere junto a Splinter en una emboscada del clan del pien en Japón.
Al final, Mikey es capaz de encontrar la paz dentro de sí mismo y lleva a cabo su última misión con éxito, pero ahí no terminan las cosas. Cuando se cierra la historia, la joven Casey Jones usa la sangre del cuerpo de Mikey para ayudar a crear una nueva generación de cuatro tortugas ninja.